LmjF.01.0650 | mitochondrial-processing peptidase subunit beta, putative

_IDPredictionOTHERSPmTPCS_Position
LmjF.01.0650mTP0.3161700.0444560.639374CS pos: 9-10. AVA-AT. Pr: 0.1482
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    >LmjF.01.0650 MLRRTSAVAATAALPHNMTMKDPLCQQVLSRCTPVVYSALPNGFRVATEYVKDCPFATVG VWIDAGSRFEDIRNSGVAHFLEHMNFKGTDRYSKSDVENLFEHRGAHFNAYTSRDRTAYY VKAFTKDVDKMIDVVSDLLQRGRYRRHDIEAERPTILAEMREVEELVDEVLMDNVHQAAY DPTTSGLPLTILGPVENIAKNINKSMIEDYVRVHYTGPRMCLVSSGGISPDAAHALAEKY FSGLSSMNNRPLLRGVYKGGHTVLWNEGMATANTAVAFPICGASHPDSYPLQLIHNVIGQ FREGQYDQFSSQRRNPNLPWERVPNLVQLRPFYTPYEETALLGYHIVTARMATSGVARDD AQTLMLNYVLSSLYDLCATKVEDSLLEAAKAEFKASVMMMRDSTTNSAEDLGRQMIHFGR RVPLQEVFERVDAVTPESLRAAAEKYLGVVQPTVSCIGASSTLPKYDPLSLVSNVVHPQL TPAQFPEDARACPL
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  • MitoProt II - v1.101 File : /home/rajan/sadaf/4480_mitoprot/test/147 Sequence name : 147 Sequence length : 494 VALUES OF COMPUTED PARAMETERS Coef20 : 4.833 CoefTot : -0.114 ChDiff : -7 ZoneTo : 48 KR : 5 DE : 1 CleavSite : 47 HYDROPHOBIC SCALE USED GES KD GVH1 ECS H17 : 1.341 1.135 0.234 0.456 MesoH : -0.226 0.244 -0.307 0.208 MuHd_075 : 51.472 33.386 14.880 10.950 MuHd_095 : 32.103 31.049 11.785 8.773 MuHd_100 : 37.213 29.427 10.764 9.123 MuHd_105 : 34.642 24.056 8.857 8.377 Hmax_075 : 14.700 13.300 2.763 4.678 Hmax_095 : 16.712 23.200 6.665 6.116 Hmax_100 : 16.100 23.200 6.665 5.790 Hmax_105 : 11.200 17.200 2.871 4.530 CLASS NOT-MITO MITO(/CHLORO) DFM : 0.0289 0.9711 DFMC : 0.0422 0.9578 This protein is probably imported in mitochondria. f(Ser) = 0.0625 f(Arg) = 0.0833 CMi = 0.33482 CMi is the Chloroplast/Mitochondria Index It has been proposed by Von Heijne et al (Eur J Biochem,1989, 180: 535-545)
  • ##### ProP v.1.0b ProPeptide Cleavage Site Prediction ##### ##### Furin-type cleavage site prediction (Arginine/Lysine residues) ##### 494 LmjF.01.0650 MLRRTSAVAATAALPHNMTMKDPLCQQVLSRCTPVVYSALPNGFRVATEYVKDCPFATVGVWIDAGSRFEDIRNSGVAHF 80 LEHMNFKGTDRYSKSDVENLFEHRGAHFNAYTSRDRTAYYVKAFTKDVDKMIDVVSDLLQRGRYRRHDIEAERPTILAEM 160 REVEELVDEVLMDNVHQAAYDPTTSGLPLTILGPVENIAKNINKSMIEDYVRVHYTGPRMCLVSSGGISPDAAHALAEKY 240 FSGLSSMNNRPLLRGVYKGGHTVLWNEGMATANTAVAFPICGASHPDSYPLQLIHNVIGQFREGQYDQFSSQRRNPNLPW 320 ERVPNLVQLRPFYTPYEETALLGYHIVTARMATSGVARDDAQTLMLNYVLSSLYDLCATKVEDSLLEAAKAEFKASVMMM 400 RDSTTNSAEDLGRQMIHFGRRVPLQEVFERVDAVTPESLRAAAEKYLGVVQPTVSCIGASSTLPKYDPLSLVSNVVHPQL 480 TPAQFPEDARACPL 560 ................................................................................ 80 .................................................................P.............. 160 ................................................................................ 240 ................................................................................ 320 ................................................................................ 400 ................................................................................ 480 .............. 560 Propeptide cleavage sites predicted: Arg(R)/Lys(K): 1 Name Pos Context Score Pred ____________________________v_________________ LmjF.01.0650 3 ----MLR|RT 0.101 . LmjF.01.0650 4 ---MLRR|TS 0.112 . LmjF.01.0650 21 PHNMTMK|DP 0.077 . LmjF.01.0650 31 CQQVLSR|CT 0.095 . LmjF.01.0650 45 ALPNGFR|VA 0.083 . LmjF.01.0650 52 VATEYVK|DC 0.060 . LmjF.01.0650 68 WIDAGSR|FE 0.071 . LmjF.01.0650 73 SRFEDIR|NS 0.114 . LmjF.01.0650 87 LEHMNFK|GT 0.078 . LmjF.01.0650 91 NFKGTDR|YS 0.079 . LmjF.01.0650 94 GTDRYSK|SD 0.171 . LmjF.01.0650 104 ENLFEHR|GA 0.098 . LmjF.01.0650 114 FNAYTSR|DR 0.112 . LmjF.01.0650 116 AYTSRDR|TA 0.075 . LmjF.01.0650 122 RTAYYVK|AF 0.066 . LmjF.01.0650 126 YVKAFTK|DV 0.119 . LmjF.01.0650 130 FTKDVDK|MI 0.068 . LmjF.01.0650 141 VSDLLQR|GR 0.068 . LmjF.01.0650 143 DLLQRGR|YR 0.081 . LmjF.01.0650 145 LQRGRYR|RH 0.084 . LmjF.01.0650 146 QRGRYRR|HD 0.618 *ProP* LmjF.01.0650 153 HDIEAER|PT 0.090 . LmjF.01.0650 161 TILAEMR|EV 0.133 . LmjF.01.0650 200 PVENIAK|NI 0.065 . LmjF.01.0650 204 IAKNINK|SM 0.075 . LmjF.01.0650 212 MIEDYVR|VH 0.082 . LmjF.01.0650 219 VHYTGPR|MC 0.074 . LmjF.01.0650 239 AHALAEK|YF 0.064 . LmjF.01.0650 250 LSSMNNR|PL 0.104 . LmjF.01.0650 254 NNRPLLR|GV 0.237 . LmjF.01.0650 258 LLRGVYK|GG 0.090 . LmjF.01.0650 302 NVIGQFR|EG 0.079 . LmjF.01.0650 313 DQFSSQR|RN 0.069 . LmjF.01.0650 314 QFSSQRR|NP 0.099 . LmjF.01.0650 322 PNLPWER|VP 0.065 . LmjF.01.0650 330 PNLVQLR|PF 0.074 . LmjF.01.0650 350 YHIVTAR|MA 0.139 . LmjF.01.0650 358 ATSGVAR|DD 0.160 . LmjF.01.0650 380 YDLCATK|VE 0.055 . LmjF.01.0650 390 SLLEAAK|AE 0.070 . LmjF.01.0650 394 AAKAEFK|AS 0.061 . LmjF.01.0650 401 ASVMMMR|DS 0.111 . LmjF.01.0650 413 SAEDLGR|QM 0.095 . LmjF.01.0650 420 QMIHFGR|RV 0.124 . LmjF.01.0650 421 MIHFGRR|VP 0.116 . LmjF.01.0650 430 LQEVFER|VD 0.080 . LmjF.01.0650 440 VTPESLR|AA 0.079 . LmjF.01.0650 445 LRAAAEK|YL 0.137 . LmjF.01.0650 465 ASSTLPK|YD 0.076 . LmjF.01.0650 490 QFPEDAR|AC 0.072 . ____________________________^_________________

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    >LmjF.01.0650 ATGCTGCGGCGAACCAGCGCCGTGGCGGCAACGGCGGCGCTGCCGCACAACATGACAATG AAGGACCCGCTCTGTCAGCAGGTGCTGAGCCGCTGCACCCCCGTCGTCTACTCCGCTCTC CCGAACGGCTTCCGAGTGGCGACGGAGTACGTGAAGGACTGCCCCTTTGCCACCGTCGGC GTGTGGATCGACGCCGGCAGCCGCTTCGAGGACATCCGCAACAGCGGCGTGGCGCACTTC CTGGAGCACATGAACTTCAAAGGCACCGACCGGTACTCGAAGAGCGATGTCGAGAACCTA TTCGAGCACCGCGGCGCGCACTTCAACGCGTACACCTCGCGCGACCGCACCGCCTACTAT GTGAAGGCGTTCACGAAGGACGTGGACAAGATGATCGACGTCGTGTCGGACCTCCTCCAG CGTGGCCGCTACCGCCGGCACGACATCGAGGCGGAGCGGCCGACGATCTTGGCGGAGATG CGCGAGGTGGAGGAGCTCGTGGATGAGGTGCTCATGGACAACGTGCACCAAGCCGCCTAC GACCCGACGACGAGCGGGCTGCCGCTCACCATCCTCGGCCCGGTCGAGAACATCGCCAAG AACATCAACAAGTCCATGATCGAGGACTACGTGCGGGTGCACTACACAGGGCCACGCATG TGCCTCGTGTCGTCTGGCGGCATCTCGCCCGATGCGGCGCACGCGCTGGCGGAGAAGTAC TTTAGCGGCCTGTCCTCCATGAACAACCGCCCGCTCCTGCGCGGTGTGTACAAGGGTGGT CACACAGTTCTGTGGAACGAGGGCATGGCGACAGCGAACACGGCCGTGGCCTTCCCGATC TGCGGCGCCTCGCACCCGGACAGCTACCCGCTGCAGCTGATACACAACGTCATTGGTCAG TTTCGCGAAGGGCAGTACGACCAGTTCAGCTCCCAGCGCCGCAACCCGAACCTGCCGTGG GAGCGGGTGCCGAACCTGGTCCAGCTGCGCCCCTTCTACACACCGTACGAGGAGACGGCG CTGCTCGGCTACCACATTGTGACAGCCCGCATGGCGACGAGCGGCGTTGCCCGCGACGAC GCGCAGACACTGATGCTCAACTACGTCCTCAGCTCGCTCTACGACCTGTGTGCCACCAAG GTCGAAGACTCCCTGTTGGAGGCGGCCAAAGCGGAGTTCAAGGCGTCCGTCATGATGATG CGTGACAGCACGACGAACAGCGCCGAAGACCTTGGGCGGCAGATGATTCACTTTGGCCGC CGCGTGCCGCTGCAGGAGGTGTTTGAGCGGGTCGACGCCGTCACGCCCGAGTCCCTGCGC GCCGCGGCGGAGAAGTACTTGGGCGTCGTGCAACCCACCGTTTCCTGCATCGGCGCGAGC AGCACGTTGCCCAAGTACGACCCCCTCTCGCTCGTGTCGAATGTGGTGCACCCGCAGCTG ACGCCGGCGCAGTTTCCGGAGGACGCGCGTGCGTGTCCGCTGTGA
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    MLRRTSAVAATAALPHNMTMKDPLCQQVLSRCTPVVYSALPNGFRVATEYVKDCPFATVG VWIDAGSRFEDIRNSGVAHFLEHMNFKGTDRYSKSDVENLFEHRGAHFNAYTSRDRTAYY VKAFTKDVDKMIDVVSDLLQRGRYRRHDIEAERPTILAEMREVEELVDEVLMDNVHQAAY DPTTSGLPLTILGPVENIAKNINKSMIEDYVRVHYTGPRMCLVSSGGISPDAAHALAEKY FSGLSSMNNRPLLRGVYKGGHTVLWNEGMATANTAVAFPICGASHPDSYPLQLIHNVIGQ FREGQYDQFSSQRRNPNLPWERVPNLVQLRPFYTPYEETALLGYHIVTARMATSGVARDD AQTLMLNYVLSSLYDLCATKVEDSLLEAAKAEFKASVMMMRDSTTNSAEDLGRQMIHFGR RVPLQEVFERVDAVTPESLRAAAEKYLGVVQPTVSCIGASSTLPKYDPLSLVSNVVHPQL TPAQFPEDARACPL

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IDSitePeptideScoreMethodIDSitePeptideScoreMethodIDSitePeptideScoreMethodIDSitePeptideScoreMethodIDSitePeptideScoreMethodIDSitePeptideScoreMethodIDSitePeptideScoreMethod
LmjF.01.0650205 SNINKSMIED0.992unspLmjF.01.0650205 SNINKSMIED0.992unspLmjF.01.0650205 SNINKSMIED0.992unspLmjF.01.0650403 SMMRDSTTNS0.991unspLmjF.01.0650407 SSTTNSAEDL0.994unspLmjF.01.06506 SLRRTSAVAA0.995unspLmjF.01.065093 STDRYSKSDV0.998unsp

LmjF.01.0650      



Dinesh Gupta lab Translational bioinformatics group, ICGEB, New Delhi, India