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No Results

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  • MitoProt II - v1.101 File : /home/rajan/sadaf/4480_mitoprot/test/24 Sequence name : 24 Sequence length : 1032 VALUES OF COMPUTED PARAMETERS Coef20 : 5.452 CoefTot : 1.512 ChDiff : -25 ZoneTo : 16 KR : 6 DE : 0 CleavSite : 17 HYDROPHOBIC SCALE USED GES KD GVH1 ECS H17 : 1.412 1.135 0.211 0.561 MesoH : -0.124 0.257 -0.315 0.245 MuHd_075 : 34.808 13.114 6.654 5.460 MuHd_095 : 40.428 15.853 7.020 9.276 MuHd_100 : 29.828 14.059 6.017 6.329 MuHd_105 : 15.549 11.625 4.402 3.140 Hmax_075 : -2.683 4.433 -1.758 -0.023 Hmax_095 : 5.075 6.912 -0.578 2.441 Hmax_100 : -10.500 2.300 -2.429 -0.170 Hmax_105 : -13.000 2.450 -2.429 -1.930 CLASS NOT-MITO MITO(/CHLORO) DFM : 0.0095 0.9905 DFMC : 0.0115 0.9885 This protein is probably imported in mitochondria. f(Ser) = 0.1875 f(Arg) = 0.3750 CMi = 0.31513 CMi is the Chloroplast/Mitochondria Index It has been proposed by Von Heijne et al (Eur J Biochem,1989, 180: 535-545)
  • ##### ProP v.1.0b ProPeptide Cleavage Site Prediction ##### ##### Furin-type cleavage site prediction (Arginine/Lysine residues) ##### 1032 LmjF.07.0100 MLRRSVRCLSLRTSRREDLVFRSMHGFTLLKIRRIDDLHLVAYEMEHVRTGALYYHIDVEDNNNTFCIGFRTPAENNKGT 80 SHVLEHTTLCGSKKYPVRDPFFMMLKRSLSSFMNAMTGSDYTLYPFSTTNRKDFQNLLDVYLDAVLHPLLREEDFKQEGH 160 RVELEDKSSDSEDAAAQPAKRTRRLINNGVVFNEMRGVVSDPSNHFVHSLMRTMLPHTHYTYISGGYPPDILGLSYDELL 240 SFQRRHYHPSNSITFTYGNLHPESHMEALNSYFADFERAAPVLVPTLADQHRFTEPQLVHLEGPLDAMGNPLRQKRVAVS 320 YAVPKANNKLEDVVALSVLDSLLSSGPSSPMFKNLIESQIGSKYAPMQGYAFYLSSPIITYGVAGMDEERTDAEAEVLQA 400 VESALRSVQRDGFDERRVRSVIFQEELQHRHRSADYGLNTCTGLCAMGLCRAQNNPLDFINWLPHLQRLADDNAASLLPR 480 IETHLLSNPHRAVVSVSARKEYLNRLQDQLKEADEAVNASATEADKDRVEKETKEGLQRLRAPQPHDVLPTLRIEDIPTE 560 SFAEPVPCRSSLSSTNGQVYTITHPTNGLVYVHGLIPFNTSLTSAMEHGELGQVPQNIMLLESLIGRTGAGKLSYKDHSI 640 AVKLSCSGFGFEPLLNESYLHKSTTITGTSYSFYTTKEKLKEALDLLSVTLLEPRFSADDTDVYSRALSNLKMACSSVIQ 720 SLQAEGNRYAVIRAVGELTRRGELREHWWGLSQSTHASEMLEKLQGCPEVSRETVSALLDNYAVFAQEMATDMSRSLVWA 800 TCEDAHREEVERMLKEFLDAFPRTDSAARTHLFLPPCSTEKGVQQIIKKLPIDTSFVGLAMPNKLKWESPDQARVRVGCT 880 LLCNEYLHRRVREEGGAYGSNCTATLHGEVGGVSMSSYRDPSPELTAKAFLEAGDWLSDRKNVTAERVSEAKLRLFSSID 960 SPYAADSYGEAYFYNDLRQDTKQALRDALLSVTAEDVVNVAHYFTPQSTTIISILQPAGESSDPAAVPPEAS 1040 ................................................................................ 80 ................................................................................ 160 ................................................................................ 240 ...........................................................................P.... 320 ................................................................................ 400 ..................P............................................................. 480 ................................................................................ 560 ................................................................................ 640 ................................................................................ 720 ................................................................................ 800 ................................................................................ 880 ................................................................................ 960 ........................................................................ 1040 Propeptide cleavage sites predicted: Arg(R)/Lys(K): 2 Name Pos Context Score Pred ____________________________v_________________ LmjF.07.0100 3 ----MLR|RS 0.070 . LmjF.07.0100 4 ---MLRR|SV 0.270 . LmjF.07.0100 7 MLRRSVR|CL 0.267 . LmjF.07.0100 12 VRCLSLR|TS 0.086 . LmjF.07.0100 15 LSLRTSR|RE 0.194 . LmjF.07.0100 16 SLRTSRR|ED 0.138 . LmjF.07.0100 22 REDLVFR|SM 0.115 . LmjF.07.0100 31 HGFTLLK|IR 0.054 . LmjF.07.0100 33 FTLLKIR|RI 0.085 . LmjF.07.0100 34 TLLKIRR|ID 0.127 . LmjF.07.0100 49 YEMEHVR|TG 0.070 . LmjF.07.0100 71 TFCIGFR|TP 0.076 . LmjF.07.0100 78 TPAENNK|GT 0.103 . LmjF.07.0100 93 TTLCGSK|KY 0.057 . LmjF.07.0100 94 TLCGSKK|YP 0.107 . LmjF.07.0100 98 SKKYPVR|DP 0.097 . LmjF.07.0100 106 PFFMMLK|RS 0.054 . LmjF.07.0100 107 FFMMLKR|SL 0.302 . LmjF.07.0100 131 PFSTTNR|KD 0.098 . LmjF.07.0100 132 FSTTNRK|DF 0.083 . LmjF.07.0100 151 VLHPLLR|EE 0.081 . LmjF.07.0100 156 LREEDFK|QE 0.072 . LmjF.07.0100 161 FKQEGHR|VE 0.068 . LmjF.07.0100 167 RVELEDK|SS 0.074 . LmjF.07.0100 180 AAAQPAK|RT 0.074 . LmjF.07.0100 181 AAQPAKR|TR 0.139 . LmjF.07.0100 183 QPAKRTR|RL 0.114 . LmjF.07.0100 184 PAKRTRR|LI 0.454 . LmjF.07.0100 196 VVFNEMR|GV 0.100 . 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LmjF.07.0100 795 MATDMSR|SL 0.103 . LmjF.07.0100 807 TCEDAHR|EE 0.066 . LmjF.07.0100 812 HREEVER|ML 0.118 . LmjF.07.0100 815 EVERMLK|EF 0.096 . LmjF.07.0100 823 FLDAFPR|TD 0.095 . LmjF.07.0100 829 RTDSAAR|TH 0.068 . LmjF.07.0100 841 PPCSTEK|GV 0.088 . LmjF.07.0100 848 GVQQIIK|KL 0.061 . LmjF.07.0100 849 VQQIIKK|LP 0.076 . LmjF.07.0100 864 GLAMPNK|LK 0.068 . LmjF.07.0100 866 AMPNKLK|WE 0.064 . LmjF.07.0100 874 ESPDQAR|VR 0.071 . LmjF.07.0100 876 PDQARVR|VG 0.090 . LmjF.07.0100 889 CNEYLHR|RV 0.115 . LmjF.07.0100 890 NEYLHRR|VR 0.124 . LmjF.07.0100 892 YLHRRVR|EE 0.350 . LmjF.07.0100 919 VSMSSYR|DP 0.152 . LmjF.07.0100 928 SPELTAK|AF 0.076 . LmjF.07.0100 940 GDWLSDR|KN 0.098 . LmjF.07.0100 941 DWLSDRK|NV 0.099 . LmjF.07.0100 947 KNVTAER|VS 0.096 . LmjF.07.0100 952 ERVSEAK|LR 0.056 . LmjF.07.0100 954 VSEAKLR|LF 0.097 . LmjF.07.0100 978 YFYNDLR|QD 0.074 . LmjF.07.0100 982 DLRQDTK|QA 0.061 . LmjF.07.0100 986 DTKQALR|DA 0.087 . ____________________________^_________________

  • Fasta :-

    >LmjF.07.0100 ATGCTGCGCAGATCCGTACGATGTCTCTCGCTGCGCACGAGCAGGCGCGAAGACCTCGTC TTCAGAAGCATGCACGGCTTCACGCTGCTCAAGATCCGGCGCATCGATGACCTGCACCTC GTGGCGTACGAAATGGAGCACGTCCGCACCGGCGCTCTCTACTACCACATCGACGTGGAG GACAATAACAACACCTTCTGCATTGGCTTCCGAACACCGGCGGAGAACAACAAGGGCACT TCCCACGTGCTGGAGCACACAACGCTATGCGGCAGCAAGAAGTATCCGGTGCGGGATCCG TTCTTCATGATGCTCAAGCGCTCCCTTAGTTCTTTTATGAACGCCATGACCGGGTCCGAC TACACGCTGTATCCCTTCTCGACTACCAATCGCAAGGACTTCCAAAACCTTCTCGACGTC TACCTCGACGCCGTCCTCCACCCGTTGCTGCGAGAGGAGGACTTCAAGCAGGAGGGTCAC CGAGTGGAACTCGAGGACAAGTCGTCGGACAGCGAAGACGCCGCTGCGCAGCCGGCGAAG CGCACTCGCCGGCTTATCAACAACGGCGTCGTTTTCAACGAGATGCGCGGCGTTGTGTCG GATCCCAGCAACCACTTTGTGCACTCGCTGATGCGCACCATGCTGCCGCACACACACTAC ACCTACATATCCGGCGGCTACCCGCCCGACATTCTGGGCCTCAGCTACGACGAGCTCCTG TCCTTCCAGAGGCGCCACTACCACCCAAGCAACAGCATCACCTTCACATACGGCAACCTG CACCCTGAGTCACACATGGAAGCGTTGAACTCGTACTTTGCGGACTTCGAGCGCGCGGCA CCGGTCTTAGTGCCGACGCTGGCGGACCAGCACCGTTTCACGGAGCCCCAGCTCGTGCAC CTGGAGGGGCCGCTGGATGCCATGGGCAACCCGCTGCGGCAGAAGCGAGTTGCCGTTTCC TACGCGGTACCAAAGGCGAATAATAAGTTGGAGGATGTTGTGGCGCTCAGCGTGCTGGAC AGCCTTCTCTCTAGCGGTCCCAGCTCCCCCATGTTCAAGAACCTGATCGAGTCGCAGATT GGCAGCAAGTACGCTCCGATGCAGGGGTACGCCTTCTATCTGTCCTCCCCGATTATCACC TATGGCGTGGCTGGCATGGATGAGGAGCGGACAGACGCAGAGGCTGAGGTGCTGCAGGCT GTGGAGTCTGCGCTCCGCTCCGTGCAGAGGGACGGCTTCGACGAGCGACGCGTGCGCTCC GTCATCTTTCAGGAAGAGCTGCAGCACCGTCACCGATCTGCCGACTACGGGCTCAACACG TGCACAGGCCTGTGTGCGATGGGACTGTGCCGGGCGCAGAACAACCCGCTGGACTTTATC AACTGGCTGCCACACCTCCAGCGGCTGGCGGACGACAATGCAGCGTCGCTGCTGCCGCGC ATCGAAACGCACCTGCTGAGCAACCCCCACCGCGCCGTCGTGTCCGTGTCAGCCAGGAAG GAGTATCTGAACAGGCTGCAGGACCAACTGAAGGAAGCGGATGAGGCGGTGAACGCGTCG GCGACCGAGGCCGACAAAGACCGAGTGGAGAAGGAGACAAAGGAGGGGCTCCAACGCCTC CGCGCGCCGCAGCCGCACGATGTGCTGCCCACGCTGCGCATCGAGGACATCCCCACCGAG TCGTTTGCGGAGCCCGTGCCGTGTCGCAGCTCTCTCTCGAGCACCAACGGCCAGGTGTAC ACAATCACGCACCCAACGAATGGCCTCGTGTACGTGCATGGGCTCATCCCTTTCAACACC TCTCTCACCAGTGCGATGGAGCACGGGGAGCTGGGGCAGGTGCCGCAGAACATAATGCTG CTCGAGTCGCTGATCGGTCGCACCGGTGCCGGCAAGCTCTCCTACAAAGACCACTCCATT GCAGTGAAGCTGTCGTGCAGCGGGTTCGGATTTGAGCCGCTGCTTAACGAGTCGTACTTG CACAAGAGCACCACTATCACCGGCACTAGCTACAGCTTCTACACCACCAAGGAAAAGCTG AAGGAGGCGCTGGACTTGTTGAGCGTGACACTGCTGGAGCCGCGCTTCAGCGCCGACGAC ACCGATGTCTACTCCCGTGCGCTGTCGAATCTCAAGATGGCATGCTCGTCGGTGATCCAG TCTCTGCAGGCAGAGGGCAACCGCTACGCCGTCATCCGCGCTGTGGGGGAGCTCACCCGG CGCGGCGAGCTGCGCGAACACTGGTGGGGGCTGTCCCAGTCCACGCACGCGTCGGAGATG CTCGAGAAGCTTCAGGGGTGCCCGGAAGTGAGTCGGGAGACCGTGAGCGCGCTGCTGGAC AACTACGCCGTCTTTGCGCAGGAGATGGCGACTGACATGTCGCGCAGTCTCGTTTGGGCG ACGTGCGAGGACGCGCACCGCGAGGAGGTTGAGCGGATGCTAAAGGAGTTCCTCGACGCG TTCCCGCGGACGGACTCTGCCGCGCGCACGCACCTGTTTCTGCCACCATGCTCCACAGAG AAGGGGGTTCAGCAGATCATCAAGAAGCTGCCTATCGACACGTCCTTTGTGGGCCTGGCC ATGCCGAACAAGTTAAAGTGGGAGAGTCCCGACCAGGCACGGGTGCGGGTGGGCTGCACC CTGCTCTGCAACGAGTACTTGCACCGCCGTGTGCGAGAGGAGGGCGGCGCGTACGGCTCC AACTGCACCGCCACGCTCCACGGTGAGGTGGGCGGCGTCTCGATGTCAAGCTACCGCGAC CCCAGCCCGGAGCTCACCGCCAAAGCCTTCCTTGAGGCTGGCGATTGGCTCAGCGACCGG AAGAACGTCACGGCCGAGCGCGTAAGCGAGGCGAAGCTGCGCCTCTTCTCCTCCATCGAC TCTCCGTATGCAGCGGACTCGTACGGTGAGGCGTACTTCTATAATGATCTGCGACAGGAC ACGAAGCAGGCCTTGCGCGATGCCCTGCTTTCCGTGACGGCAGAGGACGTTGTGAATGTG GCCCACTACTTCACGCCTCAATCCACCACCATCATCAGCATTCTCCAACCCGCAGGCGAG TCGAGCGATCCGGCCGCGGTGCCACCCGAGGCATCGTAG
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LmjF.07.0100      



Dinesh Gupta lab Translational bioinformatics group, ICGEB, New Delhi, India