blastn [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑task task_name]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑db_soft_mask filtering_algorithm]
[‑db_hard_mask filtering_algorithm]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑gapopen open_penalty]
[‑gapextend extend_penalty]
[‑perc_identity float_value]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑penalty penalty]
[‑reward reward]
[‑no_greedy]
[‑min_raw_gapped_score int_value]
[‑template_type type]
[‑template_length int_value]
[‑dust DUST_options]
[‑filtering_db filtering_database]
[‑window_masker_taxid window_masker_taxid]
[‑window_masker_db window_masker_db]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑ungapped]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑off_diagonal_range int_value]
[‑use_index boolean]
[‑index_name string]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑strand strand]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑version]TOP

blastp [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑task task_name]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑db_soft_mask filtering_algorithm]
[‑db_hard_mask filtering_algorithm]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑gapopen open_penalty]
[‑gapextend extend_penalty]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑matrix matrix_name]
[‑threshold float_value]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑ungapped]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑version]TOP

blastx [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑task task_name]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑db_soft_mask filtering_algorithm]
[‑db_hard_mask filtering_algorithm]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑gapopen open_penalty]
[‑gapextend extend_penalty]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑max_intron_length length]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑matrix matrix_name]
[‑threshold float_value]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑ungapped]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑strand strand]
[‑parse_deflines]
[‑query_gencode int_value]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑version]TOP

tblastn [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑task task_name]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑db_soft_mask filtering_algorithm]
[‑db_hard_mask filtering_algorithm]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑gapopen open_penalty]
[‑gapextend extend_penalty]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑db_gencode int_value]
[‑ungapped]
[‑max_intron_length length]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑matrix matrix_name]
[‑threshold float_value]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑in_pssm psi_chkpt_file]
[‑version]TOP

tblastx [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑db_soft_mask filtering_algorithm]
[‑db_hard_mask filtering_algorithm]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑max_intron_length length]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑matrix matrix_name]
[‑threshold float_value]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑strand strand]
[‑parse_deflines]
[‑query_gencode int_value]
[‑db_gencode int_value]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑version]TOP

deltablast [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑gapopen open_penalty]
[‑gapextend extend_penalty]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑matrix matrix_name]
[‑threshold float_value]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑gap_trigger float_value]
[‑num_iterations int_value]
[‑out_pssm checkpoint_file]
[‑out_ascii_pssm ascii_mtx_file]
[‑save_pssm_after_last_round]
[‑save_each_pssm]
[‑pseudocount pseudocount]
[‑domain_inclusion_ethresh ethresh]
[‑inclusion_ethresh ethresh]
[‑rpsdb database_name]
[‑show_domain_hits]
[‑version]TOP

psiblast [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑gilist filename]
[‑seqidlist filename]
[‑negative_gilist filename]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑subject subject_input_file]
[‑subject_loc range]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑word_size int_value]
[‑gapopen open_penalty]
[‑gapextend extend_penalty]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑matrix matrix_name]
[‑threshold float_value]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑gap_trigger float_value]
[‑num_iterations int_value]
[‑out_pssm checkpoint_file]
[‑out_ascii_pssm ascii_mtx_file]
[‑save_pssm_after_last_round]
[‑save_each_pssm]
[‑in_msa align_restart]
[‑msa_master_idx index]
[‑ignore_msa_master]
[‑in_pssm psi_chkpt_file]
[‑pseudocount pseudocount]
[‑inclusion_ethresh ethresh]
[‑phi_pattern file]
[‑version]TOP

rpsblast [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑culling_limit int_value]
[‑best_hit_overhang float_value]
[‑best_hit_score_edge float_value]
[‑window_size int_value]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑version]TOP

rpstblastn [‑h] [‑help]
[‑import_search_strategy filename]
[‑export_search_strategy filename]
[‑db database_name]
[‑dbsize num_letters]
[‑entrez_query entrez_query]
[‑query input_file]
[‑out output_file]
[‑evalue evalue]
[‑qcov_hsp_perc float_value]
[‑max_hsps int_value]
[‑xdrop_ungap float_value]
[‑xdrop_gap float_value]
[‑xdrop_gap_final float_value]
[‑searchsp int_value]
[‑sum_stats bool_value]
[‑query_gencode int_value]
[‑seg SEG_options]
[‑soft_masking soft_masking]
[‑window_size int_value]
[‑ungapped]
[‑lcase_masking]
[‑query_loc range]
[‑strand strand]
[‑parse_deflines]
[‑outfmt format]
[‑show_gis]
[‑num_descriptions int_value]
[‑num_alignments int_value]
[‑line_length line_length]
[‑html]
[‑max_target_seqs num_sequences]
[‑num_threads int_value]
[‑remote]
[‑comp_based_stats compo]
[‑use_sw_tback]
[‑version]TOP