| Day 1 | Day 2 | Day 3 | Day 4 | Day 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Time (Hrs.) | Monday | Tuesday | Wednesday | Thursday | Friday | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21-Oct-13 | 22-Oct-13 | 23-Oct-13 | 24-Oct-13 | 25-Oct-13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9:00 | Registration | Mass Spectometery based proteomics [IK] | Introduction to massively parallel sequencing [AM] | Overview of NGS and its applications | Hands-on Session [SH] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9:30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9:45 | Experiment Demo [IK] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10:00 | Inauguration and Introductions [VSC] | Tea/Coffee | Overview of Avadis NGS software | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10:30 | Next generation human genetics [AM] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10:45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11:00 | Tea/Coffee | Tea/Coffee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11:30 | Basics of UNIX [DG] | Tour of the facility | DNAseq Workflow | Genome Assembly improvemnet and Validation [SH] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11:45 | Mass Spectrometery Data Analysis [IK] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12:00 | Exome sequencing data analysis [NKB] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12:15 | Hands-on Session | RNAseq workflow | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12:30 | Hands-on Session [SH] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12:45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13:00 | Lunch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14:00 | Sequence formats and Databases [DG] | Introduction toEUPathDB [OH] | Hands-on Session [NKB] | Hands-on Session | Hands-on Session [SH] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14:30 | Hands-on Session | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14:45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15:00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15:15 | Overview of PlasmoDB [DS] | Artemis and Artemis Comparision Tool (ACT) [AP] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15:30 | EMBOSS [DG] | Tea/Coffee | Tea/Coffee | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15:45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16:00 | Tea/Coffee | Data Quality & mapping [NKB] | Genome Assembly Primer [SH] | Tea/Coffee | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16:30 | MacVector [JJ] | Hands-on Session [DS] | Hands-on Session [NKB & AM] | Hands-on Session [AP] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16:45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17:00 | GOLD [RK] | Hands-on Session [SH] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17:30 | Mop-up Session | Mop-up Session | Mop-up Session | Mop-up Session | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17:45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 18:00 | Guest Lecture [GPSR] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 18:15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 18:30 | Grand Dinner | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Manual Faculty | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||